האיגוד נוסד בשושן פורים, ט"ו אדר תשי"ג, ה-2.3.53.

​

עוד לפני קום המדינה היתה קיימת "החברה המתמטית הירושלמית" שהיתה נפגשת אחת לכמה שבועות באולם בבניין הגימנסיה העברית,  בגמנסיה העברית ברחביה, כשבתוכנית: הרצאה על עבודת מחקר של אחד המתמטיקאים הצעירים. בין המרצים היו מנחם שיפר, זאב נהרי, אריה דבורצקי, ועוד.

היא לא היתה אגודה רשומה, אלא מעין התארגנות וולונטרית של אנשים שהתעניינו במתמטיקה. דב ירדן היה מבקש מחבריה מאמרים עבור "דפים למתמטיקה ופיסיקה" שהופיעו בין 1942-1947, הנזכרים גם במכתב של י. לויצקי לא. ברתנא. [מקור: מתוך מכתבי פרופ' ש. אגמון]

​

מכתבים של י. לויצקי וא. ברתנא בנושא תמיכה ממשלתית באיגוד הישראלי למתמטיקה, שנות 1953-1954.